1962年，正值臺(tái)灣白色恐怖時(shí)期，當(dāng)時(shí)中國(guó)國(guó)民黨領(lǐng)導(dǎo)的蔣中正政府以防止共產(chǎn)主義滲透等理由頒布臺(tái)灣省戒嚴(yán)令，路上舉目皆是反共標(biāo)語(yǔ)，國(guó)民黨政府亦鼓勵(lì)人民告密檢舉匪諜，并嚴(yán)禁私自結(jié)黨。同時(shí)為了管制言論思想，中華民國(guó)政府將許多書(shū)籍列為禁書(shū)，禁書(shū)類(lèi)別甚廣且認(rèn)定標(biāo)準(zhǔn)不一，例如諾貝爾文學(xué)獎(jiǎng)得主詩(shī)人泰戈?duì)柕摹讹h鳥(niǎo)集》[注 1]即是其一。但在這樣的高壓環(huán)境下，仍有許多人在臺(tái)灣各個(gè)角落暗中舉辦讀書(shū)會(huì)，追尋自由。
臺(tái)風(fēng)夜，翠華中學(xué)三年級(jí)的方芮欣在昏暗的教室醒來(lái)，在尋找張明暉老師的途中遇到了二年級(jí)的學(xué)弟魏仲廷，兩人走到校門(mén)口卻發(fā)現(xiàn)溪水暴漲，于是回到校園中繼續(xù)找尋張老師。但學(xué)校渺無(wú)人跡，校舍中貼滿(mǎn)了臺(tái)灣省政府查封的封條與臺(tái)灣喪葬的示喪紙“忌中”。他們發(fā)現(xiàn)事件并不單純，并逐漸想起過(guò)去所發(fā)生的悲劇。
翠華中學(xué)美術(shù)老師兼任輔導(dǎo)教師張明暉在校內(nèi)儲(chǔ)藏室創(chuàng)辦了讀書(shū)會(huì)閱讀禁書(shū)、成員包括音樂(lè)老師殷翠涵、學(xué)生魏仲廷等人。另一方面方芮欣因?yàn)榧彝ナШ褪箤W(xué)業(yè)成績(jī)受到影響，殷翠涵便引介她給張明暉，希望張明暉能輔導(dǎo)方芮欣走出低潮，孰料在密切的心理輔導(dǎo)之下，方芮欣與張明暉意外產(chǎn)生了師生戀，張明暉并親手做了一條白鹿項(xiàng)鏈贈(zèng)與方芮欣。
一日早晨，方芮欣的母親李妙子懷疑丈夫方道勤有外遇，卻遭到方道勤家暴，情緒失控的李妙子不斷念佛，并向菩薩許下希望方道勤消失的愿望。方芮欣到校后，先前因壓力過(guò)大而在《校史》中的歷任校長(zhǎng)肖像上涂鴉一事，被負(fù)責(zé)管理秩序兼任校園思想控制的軍訓(xùn)教官白國(guó)鋒知道，白教官希望方芮欣不要給她即將升官的父親添麻煩，并表明有任何問(wèn)題可以找教官商量。朝會(huì)升旗典禮時(shí)，教師黃又新因涉及“顛覆國(guó)家”罪嫌，被中華民國(guó)憲兵當(dāng)眾拘捕，引起騷動(dòng)，也使白教官對(duì)校內(nèi)所有老師展開(kāi)調(diào)查。當(dāng)晚，方芮欣與張明暉兩人在校外幽會(huì)，方芮欣在紙上畫(huà)出琴鍵，教他彈奏《雨夜花》。方芮欣返家后，發(fā)現(xiàn)父親遭憲兵隊(duì)逮捕，父親要方芮欣讓母親通知白教官，在他離開(kāi)后，方芮欣才知道父親之所以被捕，正是因?yàn)槟赣H的檢舉。
幾日后，殷翠涵注意到張明暉和方芮欣過(guò)從甚密，提醒他應(yīng)該謹(jǐn)言慎行，以免讓方芮欣陷入危險(xiǎn)，不久，張明暉就跟方芮欣提出分手，方芮欣因偷聽(tīng)到殷翠涵與張明暉的對(duì)話(huà)，誤以為是殷翠涵對(duì)張明暉也有愛(ài)意，想要拆散自己跟張明暉。方芮欣一來(lái)希望白教官救回父親，二更希望“情敵”殷翠涵因閱讀禁書(shū)而遭校方解聘，便利用對(duì)自己有好感的魏仲廷，取得讀書(shū)會(huì)的證據(jù)并向白國(guó)鋒檢舉。白國(guó)鋒并未對(duì)方芮欣的要求有具體承諾，只說(shuō)：“國(guó)家會(huì)感謝你的?！?/p>
臺(tái)灣警備總司令部派員到校，包括張明暉在內(nèi)的所有讀書(shū)會(huì)成員皆被拘捕，有的被處決，有的死于刑求，連借儲(chǔ)藏室鑰匙給讀書(shū)會(huì)的工友也被虐殺。張明暉在臨刑前囑咐魏仲廷要活下去，記住這一切有多得來(lái)不易，因?yàn)樽杂山K會(huì)來(lái)臨。之后張明暉被依叛亂罪槍決，魏仲廷聽(tīng)從建議，招供以保住性命；方芮欣則因愧疚難耐，在禮堂舞臺(tái)上自縊身亡，以死向枉死孤魂謝罪。開(kāi)頭中的魏仲廷和方芮欣所在的翠華中學(xué)是處于陰間地府似的空間，充滿(mǎn)著陰間地府的鬼物；倆人其實(shí)是以靈魂的狀態(tài)困在此空間?；謴?fù)記憶，發(fā)現(xiàn)事實(shí)真相的方芮欣決定拯救被陰間鬼魂抓捕的魏仲廷，讓他重返陽(yáng)間以讓在陽(yáng)間監(jiān)獄里垂死的魏仲廷恢復(fù)生機(jī)。
多年后，魏仲廷因解嚴(yán)而赦免出獄，他克服了恐懼，到張明暉的墳上祭掃后“返校”，到即將拆除的翠華中學(xué)，將張明暉的絕筆信與定情之物白鹿項(xiàng)鏈，交給了方芮欣的靈魂，并向她表示他會(huì)永遠(yuǎn)記得方芮欣。