牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術(shù)道場に集まった。そこへ突如現(xiàn)れた牙鬼の殘黨を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風(fēng)花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった!
　　戦いを終え久々の再會を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風(fēng)花の母?桜子が現(xiàn)れた。しかも風(fēng)花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲(yún)、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー?九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に與える暴走っぷり。そして數(shù)合わせとして旋風(fēng)も加わり4対4の真剣勝負が始まった。
　　時を同じくして、執(zhí)念の復(fù)活を遂げた有明の方が萬月の復(fù)活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。
　　果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出來るのか! ?