1943年 歐洲戰(zhàn)場(chǎng)局勢(shì)神秘莫測(cè)，卡特蘭的異形軍橫行霸道，不可一世，令世界籠罩在恐怖與死亡的陰影中。關(guān)鍵時(shí)刻，一群少女挺身而出，與邪魔軍團(tuán)展開(kāi)殊死較量。這些少女被稱(chēng)為“魔法少女（Witch）”，自遠(yuǎn)古時(shí)代她們便沖鋒陷陣，憑借深藏體內(nèi)的魔力與各種威脅人類(lèi)存在的怪獸展開(kāi)搏斗。在魔法少女組成的機(jī)械化航空步兵的阻擊下，異形軍最終敗退，而這群女孩也功成身退，散落世界各地。美麗少女宮藤芳佳（福圓美里 配音）即是其中的一員，戰(zhàn)后她返回故鄉(xiāng)扶桑皇國(guó)，以成為優(yōu)秀的醫(yī)師作為奮斗目標(biāo)。這一天，扶桑皇國(guó)海軍學(xué)校一號(hào)生服部靜夏（內(nèi)田彩 配音）前來(lái)拜訪，邀請(qǐng)芳佳前往歐洲的威尼西亞公國(guó)留學(xué)。
身懷絕技的美麗魔法少女們從四面八方再次云集，歡樂(lè)玩笑之際，卻不知賊心不死的異形軍正悄悄逼近……
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