與地球不同次元，名為“疫苗界”的地方是個和平穩(wěn)定、四季如春的世界。某天，封印在那里的病毒大王“暗魔”逃了出來，往地球的方向逃亡。正為此事煩惱的疫苗界女神“瑪雅”命令見習(xí)守護獸“麥丸”去追捕暗魔及暗魔所生出來的病毒。
對于其他次元的事一無所知的地球中，有一位不怎么出名的新人偶像——中原小麥。她在池袋的一個會場工作時，奉命追逐病毒卻反而被攻擊受傷的麥丸從空中掉了下來。被小麥抱住的麥丸感受到了她愛的力量，于是將魔法手杖交給小麥，說明了事情原委。雖然小麥對這件突如其來的事情感到困惑，但是由于她單純且對有困難的人無法見死不救的個性，便一口氣答應(yīng)下來…。
于是，小麥除了擔(dān)任魔法少女之外，還要從事偶像的工作，而學(xué)校也不能不去，小麥變成了一個大忙人。話說回來，她能夠用愛的魔法拯救地球嗎？
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