西暦2062年。労働力の大幅な自動(dòng)化プロジェクトの失敗後、その中核となる人工知能アルテミスが人類との戦いを選んだ末、荒廃した二十年後の地球。
　　とある基地の地下研究施設(shè)で、ひとりの少女、エンプレスが目覚める。彼女は人類の守護(hù)者３人の生き殘りのうちのひとりであった。
　　しかし彼女には以前の記憶がない。そんなエンプレスに平和構(gòu)築軍の大佐は告げる。
　　エンプレスには、現(xiàn)在、アルテミスが建設(shè)中の月と地球を結(jié)ぶ軌道エレベーターを完成前に破壊する使命があることを。
　　完成すれば月で大量生産中の巨大機(jī)械軍が大挙して地球へやってくるからだ。
　　だが、その行く手を仲間であったはずのデッドマスターやストレングス、アルテミスの手先である無人軍隊(duì)やカルト集団＜教育機(jī)関＞のスマイリーらが阻もうとする。
　　さまざまな思惑が交差する中、大佐らと軌道エレベーターを目指して進(jìn)んでいくエンプレス。その先で待ち受けるものとは……。