夏日的一天，紅發(fā)女孩瑪麗（杉咲花 配音）被送到阿姨夏洛特所在的鄉(xiāng)間小屋度假。初來乍到，瑪麗對周遭的一切還不那么適應(yīng)，特別是調(diào)皮男孩彼得（神木隆之介 配音）有意和她對著干，令瑪麗實在高興不起來。偶然一次的林間探險，瑪麗見到了傳說中的魔法之花“夜間飛行”，還找到了一柄破掃帚。偏偏這把魔法掃帚載著瑪麗飛上天空，來到了專門培養(yǎng)魔法師的恩德學(xué)園。在這個神奇的所在，瑪麗受到曼布勒切克女士（天海佑希 配音）的殷勤接待，還邂逅了怪模怪樣的D博士（小日向文世 配音）。雖然女孩懵懵懂懂成為了魔法學(xué)員，可是他很快發(fā)現(xiàn)了這里所隱藏的秘密……
本片根據(jù)改編自瑪麗·斯圖爾特的英國兒童文學(xué)小說改編，是米林宏昌離開吉卜力工作室后制作拍攝的第一部動畫長片。
