奈葉（田村由香里 配音）本是一位平凡的小學三年級女生，卻因為意外遇見了來自異世界的尤諾而成為了魔法少女，投入到了爭奪遺產(chǎn)的戰(zhàn)斗之中。在上一次事件結(jié)束之后，奈葉告別了與之結(jié)下深厚友誼的菲特（水樹奈奈 配音），重新回歸了平靜的日常生活，接受著魔力訓練，以防備敵人的下一輪猛烈襲擊。
某日，一個神秘的魔法結(jié)界出現(xiàn)在了海鳴市的上空，這不尋常的現(xiàn)象吸引了奈葉的注意。果不其然，奈葉遭到了紅發(fā)魔法少女維塔（真田麻美 配音）的攻擊，讓奈葉沒有想到的是，維塔竟然一下子就破壞了奈葉堅固的防御。所幸菲特及時出現(xiàn)，奈葉才幸免于難，而維塔的出現(xiàn)意味著，有一場陰謀正在秘密展開。
